A scientist’s account to Twitter

Some of my colleagues often asked me what I am doing on Twitter. Below are some of my answers.

Twitter, the micro-blogging platform may be viewed as fascinating for some people but also frightening and boring for others. It is certainly a controversial subject. But Twitter is a diamond in the rough for the scientific community: keeping up with current research in real time, follow conferences, improve your professional network, bibliography search,…

This post does not aim to be a scientist’s guide to social media in general and to Twitter in particular. The objective is simply to share my experiences as a scientist in social media. As Zen Faulkes (@DoctorZen) quite rightly stated here : ‘Everything that happens on social media has been happening at conference for as long as there have been conference (informal conversations). Social media is just the biggest research conference in the world’.

(click to enlarge the images)

 

1- A bibliography search tool

1a- Scientific journals twitter accounts. Forget Pubmed, RSS feed or eTOCs. Just follow your favorite journal on Twitter. So far, I have a list of 291 journals.

 

1b- Keeping up using Twitterbots. An increasing number of people are exploring the use of twitterbots for more productive academic purposes (for more info see here a great explanation by @caseybergman). For example, I have a list of domain-specific literature bots here.

1c- The keyword search. Twitter has of course a search engine. Simply use keyword search as you would search Google or Pubmed. Below is an example with ‘CRISPR’.

1d- Sharing information. Twitter is particularly well suited to sharing information from your own scientific readings. A classical tool in your Twitter belt is the ability to share a link (and a photo) to the article.

1e- #icanhazpdf. The famous hashtag used to coordinate the exchange of scholarly papers. Suppose that you need a certain journal article but do not have a subscription to the journal. Anyone who notices checks to see if they have access, such as via their university’s institutional subscriptions, and if they do, they download the article and send it to you.

 

2- To keep you updated and engaged

2a- Outreach from scientific conferences. Looking for a forthcoming conference? Many scientific societies that organized academic conferences are on twitter: CSHL meetings, Keystone Symposia, Cell Symposia. 2014 saw the increased interaction with many conference twitter accounts with delegates actively tweeting about the meetings. For example with the Annual scientific meeting of the Australian diabetes society @ADS ADEA.

 

 

2a-bis Conference live-tweeting. Twitter lends itself particularly well to sharing information from a conference and live-tweeting is a growing trend. Live-tweeting is simply when twitter users tweet key points from presentations that they attend at conferences. Just follow the hashtag for the conference.

2b- Funding opportunities and notices. Many funding opportunities can be found on Twitter.

2c- Pharma and biotech companies. Find company information such as new products, promotional items.

2d- Career opportunities. Many principal investigators do advertises their PhD and postdoctoral positions on Twitter.

 

 

3- Help, share, discuss

3a- Lauching a new topic. Do you have a particular question ? Is there any specific topic you would like to discuss ? Twitter is the place to be for the scientific community.

 

3b- Direct contact. Do you have a particular question for a biotech company ? Ask directly your question via Twitter. Communication is faster than ever.

 

3c- Promoting your research. Publicise yourself, promote and present your work, your papers, your blog. Twitter is as a global science communication tool.

 

 

3d- Networking. Having real-time scientific discussions from your bedroom with people across the world, conversations that you would not necessarily have otherwise, expending your network.

 

 

4- Further reading

Online collaboration : scientists and the social network (link) by Richard Van Noorden (@Richvn)

Burning platforms: friending social media’s role in #scicomm (link) by Jim Woodgett (@jwoodgett)

10 simple rules of live tweeting at scientific conferences (link) by Ethan O. Perlstein (@eperlste)

Science and social media: some academics still don’t ‘get it’ (link) by Kirk Englehardt (@kirkenglehardt)

 Social media : a network boost (link) by Monya Baker (@Monya_science)

My Twitter achievements (link) by Sylvain Deville (@DevilleSy)

Mon petit twitter scientifique illustré

Twitter, cette plateforme de microblogging, est fascinante pour certains, effrayante ou sans aucun intérêt pour d’autres. En tout cas Twitter ne laisse pas indifférent. Mais derrière ce géant des réseaux sociaux se cache un diamant brut qui ne demande qu’à être façonné: une communauté scientifique très active, une source d’informations inépuisable en temps réel, un outil de veille technologique et un forum de discussion.

Comme scientifique, Twitter est donc devenu pour moi un outil de travail comme un autre. Ce petit billet n’a pas la prétention ni l’ambition d’être un guide mais juste un témoignage de mon utilisation de Twitter en tant que scientifique. Après tout, ce qu’il se passe sur les réseaux sociaux aujourd’hui existe depuis toujours dans les congrès scientifiques: les gens posent des questions et discutent autour d’une bonne bière des derniers papiers à la mode, des rumeurs, des financements, des étudiants… Les réseaux sociaux sont en quelque sorte le plus grand congrès scientifique du monde.

Pour que ce billet ne soit pas trop long, j’ai mis les images en tout petit. Cliquez dessus pour les voir en grand.

 1- Un outil de recherche bibliographique presque comme un autre

Notre recherche se nourrit en permanence du travail des autres. Lire des papiers sur son sujet ou sur une nouvelle technique, aller à des congrès ou des thèses alimentent nos propres idées et hypothèses de travail. Twitter offre une alternative intéressante aux outils classiques de recherche bibliographique que peuvent être Pubmed, les flux RSS et autres eTOCS (Email Table of contents Alerts).

1a- Tous les grands journaux scientifiques ont leur compte Twitter. Un nouvel article ou un nouveau numéro de votre journal vient de sortir. Vous avez l’information en temps réel, parfois bien plus rapidement que par email par exemple. J’en ai répertorié 292 toutes disciplines confondues.

1b- Un flux RSS sur Twitter. Il existe une manière assez simple de créer un flux RSS automatique sur Twitter (voir cet article (en anglais) de @caseybergman). Beaucoup existe déjà. Voilà ma liste par exemple :-). Une thématique particulière vous intéresse, suffit de s’abonner.

1c- Recherche classique par mots-clés. Twitter dispose d’un moteur de recherche. Il suffit de taper un mot clé pour savoir tout ce qu’il s’y dit sur Twitter.

1d- Le partage. Twitter étant avant tout un forum de discussion, chacun peut parler d’un article qu’il trouve intéressant. Je fais ça régulièrement. Je transmets donc l’information à mes abonnés qui pourraient être intéressés et qui auraient pu rater un article en particulier. On met un petit commentaire, le lien vers l’article et hop en 1 clic on regarde si ça intéresse ou pas. Ça marche évidemment dans les 2 sens. Certaines des personnes à qui je suis abonné font la même chose et me font découvrir parfois de super articles que je n’aurai peut-être jamais vus sans l’aide de Twitter.

2- S’informer tout simplement

Cela prend un peu de temps mais quand on arrive à s’abonner aux bons comptes Twitter, on peut récupérer un grand nombre d’informations. Les grands Instituts de Recherche, les organisateurs de congrès scientifiques, les sociétés de biotech et bien sûr des centaines de scientifiques se retrouvent sur Twitter.

2a- Des annonces de congrès. Les grands organisateurs de congrès internationaux ont un compte Twitter come le CSHL (Cold Spring Harbor Lab) ou les Keystone. On peut aussi trouver des comptes dédiés ouverts simplement pour un meeting qui a lieu dans l’année. Comme le cas du FEBS EMBO qui a eu lieu à Paris en 2014.

2a-bis Suivre les congrès. Quand c’est autorisé, les participants d’un congrès font ce qu’on appelle du ‘live-tweeting’. Ils racontent en direct ce qu’il se passe par l’intermédiaire d’un hashtag. Suivre en live un congrès qui a lieu à l’autre bout de la planète tranquillement derrière l’écran de votre ordinateur, c’est top, non ?

2b- Les sources de financements. Les grands organismes qui financent la Recherche se retrouvent sur Twitter. La ligue contre le cancer, l’ARC, l’INCa, l’ANR, l’ERC. Petit clin d’œil au trop méconnu iEDU. S’abonner à ces comptes twitter vous renseigne en temps réel sur les nouveaux appels d’offres, les échéances, les résultats.

2c- Les sociétés de biotechnologies. Les dernières nouveautés des catalogues, les dernières promotions, tout est sur Twitter.

2d- Les offres de postes. S’adresse surtout aux doctorants qui cherchent un post-doc ou un poste dans le privé. De nombreuses offres se trouvent sur Twitter. Cela fonctionne aussi dans l’autre sens. Vous avez un financement pour un(e) futur(e) doctorant(e), faites passer l’info sur Twitter.

3- Discuter et s’entraider

Twitter est avant tout une plateforme de discussion ouverte à tous. Comme dans une réunion de labo ou un congrès, Twitter permet de discuter de tout et de rien mais avec les scientifiques du monde entier sans bouger de sa chaise !

3a- Un scientifique a une question ou ouvre le débat. Participez aux discussions, échangez des informations, répondez à des questions. C’est ça la science !

3b- Un contact direct et rapide. Vous avez une question à poser à un fournisseur ? Parfois la poser directement sur Twitter est bien plus rapide que par mail.

3c- Faire sa promo. Un nouveau papier ? Un nouveau billet de blog ? Twitter est aussi là pour parler de vous, de votre recherche, de ce que vous faites. Vendez-vous !

 

3d- Se faire un réseau. C’est le principe de base. Ce faire un réseau, des connaissances. Certains de mes collègues ont par exemple fait des collaborations scientifiques simplement en discutant avec d’autres collègues sur Twitter, collègues qu’ils n’avaient jamais rencontrés avant ! Pour ma part, j’ai été invité à donner séminaire à l’Université de Cambridge en Angleterre juste parce qu’un scientifique de là-bas me suivait et trouvait certains de mes propos intéressants !

 

En conclusion, Twitter est un vaste supermarché où chacun peut y faire ses courses selon ses goûts et ses envies. Twitter devient ce que l’on veut bien en faire. Il faut apprendre à l’apprivoiser, le dompter et j’espère vous avoir convaincu que cela peut-être plus qu’utile. Voilà en tout cas comment moi je l’utilise.

N’hésitez pas à commenter ce billet et à l’améliorer si vous voyez quelque chose que j’aurai pu oublier.

4- Autres liens

Veille scientifique avec Twitter par Pierre Poulain @pierrepo

Twitter et les chercheurs, l’exception française ? Article de Sylvain Deville @DevilleSy dans Le Monde

Twitter et la science par @Endirectdulabo

Les réseaux sociaux dans la Recherche scientifique par @Urfist

Ouvrir un compte twitter pour son labo par @inp_cnrs

My twitter achievements par Sylvain Deville @DevilleSy

école doctorale 13 mai 2016

école doctorale 25 avril 2017

école doctorale 14 mai 2018

école doctorale 13 Mai 2019

#jesuisCharlie #CharlieHebdo

 je ne suis pas d’accord avec ce que vous dites, mais je me battrai jusqu’au bout pour que vous puissiez le dire

I disapprove of what you say, but I will defend to the death your right to say it – Evelyn Beatrice Hall

On Randomness, Determinism, False Dichotomies and Cancer

Exploreable

Before I start – a short summary

[1] A recent paper attributed a large proportion of variation in incidence of cancers across different tissues to the number of stem cell divisions in them, and
stochastic errors in cell division.

[2] The paper grouped tumour types with known external causes as “deterministic” and those without as “stochastic”

[3] I have seen people being hostile to the notion of stochasticity in cancer who’ve postulated other deterministic factors, with the implicit assumption that what is stochastic is really deterministic processes with as-of-now undiscovered causes.

[4] Here I explain why processes with known causes are still stochastic, leading to my gripe with both the misunderstanding that has permeated discussion of the paper as well as the iffy notion of grouping tumours into stochastic and deterministic ones in the paper. My assertion is that even those cancers strongly driven by external carcinogens involve randomness/stochasticity.

Background

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CRISPR/Cas9 : Emmanuelle Charpentier futur prix Nobel ?

(source image : ici)

CRISPR. Le mot (enfin l’acronyme) est lâché. Si, en tant que biologiste, vous n’en n’avez jamais entendu parler, c’est que vous hibernez depuis 2 ans ou que vous êtes sur le terrain au fin fond de l’Amazonie à récolter des échantillons pour votre prochain papier.

Derrière cet acronyme un peu barbare (CRISPR pour ‘Clustured Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats’) se cache l’une des plus importantes révolutions technologiques que la biologie moléculaire a connu ces 40 dernières années, au même titre que le clonage ou la PCR.

Le principe : programmer une endonucléase bactérienne (protéine qui coupe l’ADN) appelée Cas9 avec des petits ARN non codants (qui agissent comme guide) pour permettre le clivage de manière spécifique à l’endroit désiré du génome. Grâce à ce nouvel outil de génie génétique, cibler n’importe quel gène dans une cellule pour le modifier devient presque un jeu d’enfant. Eteindre ou allumer l’expression d’un gène, le modifier, le réparer, l’enlever; tout est aujourd’hui possible.

 

Un bref historique

Et pourtant, la découverte initiale aurait pu rester totalement anecdotique. Mais elle est devenue un exemple formidable de ‘détournement’ d’une découverte scientifique dans un domaine (microbiologie) au profit d’un autre domaine (l’édition et la modification des génomes), avec des applications aujourd’hui presque illimitées.

Cette histoire commence donc en 1987 par une simple observation qui est restée longtemps confidentielle : la présence d’une région inhabituelle de 5 répétitions partiellement palindromiques dans le génome d’E. Coli à l’extrémité du gène de l’isozyme alkaline phosphatase (si vous ne savez pas à quoi sert cette enzyme, moi non plus !). Il faudra ensuite attendre 2002  pour que l’équipe de Léo Shouls aux Pays-Bas mette en évidence la présence de ces séquences dans la plupart des génomes bactériens. Et c’est aussi en 2002 que l’acronyme CRISPR deviendra définitif.

Mais à quoi peuvent bien servir ces séquences répétées me direz-vous ? Et bien les premiers éléments de réponse arrivent en 2005 et ce fut plutôt une surprise. Ces séquences des génomes bactériens étaient tout bonnement identiques à des séquences des génomes de bactériophages ! (Les bactériophages sont des virus qui n’infectent que les bactéries). Et de manière remarquable, les bactéries contenant ces séquences de phage étaient résistantes à ce même phage. En d’autres termes, en intégrant des fragments d’ADN étranger au sein de son propre chromosome, la bactérie acquiert une résistance à ce phage.

Comment ? Et bien une partie de la réponse a été apportée en 2007 par une équipe française travaillant pour Danisco, une société de l’industrie laitière qui cherchait à protéger la bactérie lactique Streptococcus thermophilus des attaques de bactériophages. Pour simplifier, quand le phage réinfecte la bactérie : (1) il est reconnu, (2) la bactérie exprime sous forme d’ARN ces séquences répétées CRISPR qui correspondent à des fragments du génome du phage, (3) ces crRNAs forment un complexe avec les protéines Cas (endonucléase) et (4) s’apparient avec l’ADN de phage pour le détruire. Une sorte de système immunitaire qui utilise l’ADN étranger et non pas le couple antigène/anticorps pour se défendre.

Femmes, Science et Cocorico !

Tout explose en 2012 avec ce papier publié dans Science par les équipes de Jennifer Doudna et Emmanuelle Charpentier. Ces 2 femmes aujourd’hui internationalement reconnues et lauréates de nombreux prix ont donc été les premières à démontrer que ce système immunitaire bactérien pouvait être reprogrammé à façon pour modifier n’importe quel gène de n’importe quel organisme.

Alors le mot est lancé : prix Nobel ! Oui je pense sincèrement que Jennifer Doudna et Emmanuelle Charpentier seront un jour récompensées du prix Nobel pour cette découverte.

Et pour la petite histoire Emmanuelle Charpentier est française !!! Expatriée depuis bien longtemps d’abord en Suède puis titulaire de l’une des plus prestigieuses chaires d’Allemagne, elle dirige aujourd’hui un centre de recherche Max Planck à Berlin.

Femme, française, prix Nobel. Ces mots vont plutôt bien ensemble vous ne trouvez pas ?

Pour en savoir plus (en français)

CRISPR Wikipedia

Article dans Le Monde

Article dans Le Figaro

Diapositives de Tuan Nguyen, INSERM : 1ère partie & 2ème partie

Prix Nobel de Chimie 2020

If you have nothing to hide, you have nothing to fear

Academic publishing in general and the peer-review process in particular, if not broken, are seriously under strain. We all remember Arsenic life or the more recent STAP cells fiasco. Pre-publication peer-review is unfortunately not always getting the job done as a filter.

Many publishers have already embarked on experiments/alternatives/developments with respect to improving transparency and efficiency. Unfortunately, each journal has its own version of peer review. This blog post deals with these currently available alternatives, hoping (dreaming) that one day those ‘new’ policies may becoming the norm for all the publishers societies.

Referee cross-commenting

As a reviewer I would love to be able to see the final decision and other Reviewer’s comments. But it not always the case. I have probably reviewed about 20-25 papers since the beginning of my career. Only a couple of time I was informed of the final decision and in only one recent reviewing, the editor send me a message to let me know of other reviewer’s comments.

So for me, to have access to the comments provided by the other reviewers should be compulsory. EMBO press employs this review format and I think it’s great and very useful. It is partly designed to minimize contradictory statements.

The full Monty- Uncropped scans of Western blots included in supplemental figures.

If you have nothing to hide, you have nothing to fear. We all do want to show pretty and clean data but you don’t have to make results look better than reality. With regards to ‘representative data’, a lot of journals such as Nature Cell Biology now require to send all the unedited, uncropped scans of Western blots with your manuscript. Peer review should be a gatekeeper for possible doctored images and doing the ‘full Monty’ appears to me to be going in the right direction. Systematic image screening similar to those made at EMBO press should also become a standard for all publishers.

Transparent review

Transparency is one of the fundamental guiding principles in science. Would the publication of referee reports and editorial decision benefits the debate? EMBO press certainly thinks so (an example here), so do I. One direct benefit is to know to what extent a paper has been improved during the peer review process.

Pre-Print servers

An invite approach that has worked well for the physics community is the use of the pre-print server arXiv. Seeing the emergence of several preprint servers to biology (fighare, BioRxiv, peerj and F1000Research) is certainly a good sign. It is an effective way to share and get a collegial feedback not restricted to 2-3 reviewers. Other advantages include rapid dissemination and immediate visibility. We are constantly answering questions about our work at meetings, seminars, conferences and with our publications. But you usually answer to a couple of people. By sharing your work openly you can answer 100, 1000! The more feedback you receive, the better your work will be. Unfortunately not all academic journals submission policies allow pre-prints and its very regrettable.

That’s it for today. Please feel free to comment and give your thoughts/feedback.

Further reading

https://flipboard.com/section/science-communication-central–bSQ2TN

http://scholarone.com/media/pdf/peerreviewwhitepaper.pdf

http://www.labtimes.org/labtimes/issues/lt2012/lt02/lt_2012_02_41_41.pdf

http://publicationethics.org/files/u7140/Peer%20review%20guidelines.pdf

http://www.nature.com/nmat/journal/v10/n2/full/nmat2952.html

http://wowter.net/2013/12/24/towards-five-stars-transparent-pre-publication-peer-review/

http://www.nature.com/nature/journal/v468/n7320/full/468029a.html

http://www.plosbiology.org/article/info:doi%2F10.1371%2Fjournal.pbio.1001563#s4

http://www.nature.com/news/research-integrity-cell-induced-stress-1.15507

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0896627314002888

http://violentmetaphors.com/2013/12/13/how-to-become-good-at-peer-review-a-guide-for-young-scientists/

 

My reviewer oath

 

 

Rule 1: Avoid conflict of interest. I will disqualify myself from review if I feel unable for any reason to provide an unbiased assessment.

 

Rule 2: Ask yourself honestly whether the paper falls within the scope of your expertise. If I don’t fell qualified for the paper, I will decline to do the review.

 

Rule 3: Punctuality is a virtue of kings. I will return my review within the specified deadline. There are many sources of unnecessary time loss in the publication process. Everyone loses out if some do not play by the rules.

 

Rule 4: Review unto others as you would have them review unto you. I will not propose a bunch of new experiments, especially the ones that I do not perform for my own work.

 

Rule 5: Leave it to the future to judge a manuscript’s impact. I will only evaluate the evidence for the claims. Impact is unpredictable. Peer review is only a process of ‘pre-filtering’. Readers are the ‘post-filter’, in other words = peer validation.

 

Rule 6: It is their papers, not yours. I will not try to turn author’s paper into a paper I would have written.

 

Rule 7: Review the work, not the authors.  Whether the author is a Nobel laureate or a graduate student, I will judge the paper the same.

 

Rule 8: Don’t hide behind a cloak of anonymity, sign your review. I will have the courage to stand by my reviews, including negative reviews.

Bonjour, Welcome, Palya

I am a senior academic researcher (CR1) at the CNRS. I am working at the Interdisciplinary Research Institute (IRI, Villeneuve d’Ascq, France), a research center designed to foster synergy between biologists, mathematicians, physicists & chemists to unravel the basics of biology.

Our group is interested in understanding how transcriptional regulation of gene expression controls cellular development and how the breakdown of this regulation leads to disease. My research focuses on protein structure & function with a special interest in transcription factors & their cofactors.

Inspired by Steve Royle, Alfonso Arias, David Stephens and Sylvain Deville, among others, I have finally decided to take the plunge : I am starting a blog (kind of) !

This blog will be mainly about comments on published papers and a little about me.

In French or in English, according to my inspiration.

The Topsy-Turvy Mediator complex

Wang et al. (Cell research 2014) and Tsai et al. (Cell 2014) recently describe a substantially improved cryo-EM of the Mediator Complex which permitted an unambiguous and topsy-turvy assignment of the Head, Middle and Tail modules.

Mediator is a gigantic evolutionarily conserved multi-protein complex comprising over 25 different subunits (~ 1.2 MDa) that plays major roles in both basal and activated transcription (Malik and Roeder, 2010; Poss et al., 2013; Yin and Wang, 2014). Its sheer size, low abundance and conformational variability have prevented the high-resolution structural determination of the entire complex and thus the exact Mediator architecture is still a matter of debate (Larivière et al., 2012). To date, high-resolution structures of the 7-subunit Mediator head module (Imasaki et al., 2011; Larivière et al., 2012; Robinson et al., 2012) and several single subunits or domains are available (Baumli et al., 2005; Bontems et al., 2011; Hoeppner et al., 2005; Larivière et al., 2006; Larivière et al., 2008; Milbradt et al., 2011; Schneider et al., 2011; Thakur et al., 2009; Vojnic et al., 2011; Yang et al., 2006).

In addition, structural information of full Mediator at low resolution have come from cryo-EM studies (Asturias et al., 1999; Bernecky et al., 2011; Bernecky and Taatjes, 2012; Cai et al., 2009; Davis et al., 2002; Elmlund et al., 2006; Knuesel et al., 2009; Näär et al., 2002; Taatjes et al., 2002; Taatjes et al., 2004; Tsai et al., 2013; Wang et al., 2013).

A major point of agreement that emerges from these extensive biochemical studies is that Mediator subunits are organized into three core modules (Head, Middle, Tail) and a dissociable CDK8 kinase module. However, information about subunit localization and boundaries of the three core modules has remained rather elusive, even contradictory. For example a recent cryo-EM of yeast Mediator at 28 Å resolution identified a previously additional independent module referred to as the arm domain (Cai et al., 2009).

In two recent reports, the Cai (Wang et al., 2014) and Asturias (Tsai et al., 2014) labs describe a cryo-EM analysis that completely redefine the modular organization of the core Mediator. In particular the head module was previously assigned to one end of the Mediator structure with the middle and tail modules folded back on one another to from the upper portion of Mediator (Chadick and Asturias, 2005).

Using either tagged or deleted individual subunits combined with unequivocal docking of the X-ray structure of the Head module, the authors arrive at an impressive improved cryo-EM reconstruction of Mediator at a resolution of ~ 18 Å. And in a dramatic topsy-turvy twist, the Head and Middle modules form now the upper portion while the dense domain at the base corresponds to the Tail. As a consequence of the enhanced resolution, previously unassigned metazoan-specific subunits are now clearly localized. For example, MED27, MED28, MED29 and MED30 make extensive contacts with the Head module while MED26 associates with the Middle module.

Does this completely new pattern of modules rearrangement provide a more concrete view of the conformational changes that these modules undergo upon interaction with the RNA polymerase II ? Previously, the most prominent change resulted from the relative rotation and translation of the Middle and Tail modules that leads to a complete repositioning of the Middle module (Cai et al., 2009). These module movements triggered by formation of the holoenzyme are still carried on but from now on that is the Head and the Middle modules that undergo a coordinated rotation.

These observations directly challenge the previous holoenzyme model in which the reported RNA pol II binding site was located near the Head module. Astonishingly, the entire interaction surface of the Head module is now highly exposed and extensive Mediator/RNA pol II contacts are mediated through the Middle and Tail modules.

In the future, with the cryo-EM resolution revolution (Kühlbrandt 2014), the near-atomic resolution of full Mediator and even of the full transcription pre-initiation complex (PIC) may soon become a reality.