La recherche c’est fondamental !

Je suis le premier à me réjouir de l’exposition médiatique dont bénéficie enfin Emmanuelle Charpentier cette semaine en France pour la remise du prix L’Oréal Unesco ‘Pour les Femmes et la Science’. Une interview dans L’Express, un passage sur Canal Plus et sur France Inter par exemple.


Si nos pouvoirs publics ne doivent retenir qu’une chose, c’est que la technologie CRISPR/Cas9 qui est en train de bouleverser la biotechnologie et la médecine, est issue de la recherche purement fondamentale inspirée par la curiosité. Depuis plusieurs années, la recherche fondamentale est malmenée et beaucoup considèrent que ce type de recherche n’est pas rentable et coûte trop cher. C’est oublier un peu vite que la recherche fondamentale représente le socle sur lequel tout le reste est possible. La recherche fondamentale est par essence imprévisible en termes de résultats. Qui aurait pu prévoir il y a seulement 10-15 ans qu’étudier des séquences répétées d’ADN du génome des bactéries aboutirait à cette technologie révolutionnaire ? Personne !


Toute nouvelle coupe des financements destinés à la recherche fondamentale est une application de la recherche qui ne verra peut-être jamais le jour.

Ils finiront par comprendre

Ils finiront par comprendre



Ils finiront par comprendre que le temps de la recherche n’est pas le même que le temps des politiques.

Ils finiront par comprendre qu’il faut souvent 10-15-20 ans de recherche avant de pouvoir développer des applications.

Ils finiront par comprendre que sans 20 ans de recherche en microbiologie fondamentale sur les mécanismes de défense des bactéries contre les bactériophages, il n’y aurait pas de CRISPR Cas aujourd’hui et pas d’applications en thérapie génique.

Ils finiront par comprendre que sans 30 ans de recherche sur les mécanismes fondamentaux de la régulation des gènes, il n’y aurait pas aujourd’hui de cellules souches pluripotentes induites.

Ils finiront par comprendre que la recherche fondamentale est fondée sur la curiosité pure, la créativité, le hasard, qu’elle est le terreau nécessaire aux applications.

Ils finiront par comprendre que pour récolter, il faut semer chaque année et que l’on ne construit pas une maison sans fondation.

Ils finiront par comprendre que l’on ne peut pas décider à l’avance des résultats de la recherche.

Ils finiront par comprendre que la recherche est un bien public.

Ils finiront par comprendre que la privatisation de la recherche est une catastrophe.

Ils finiront par comprendre que dans R&D il y a développement ET Recherche et que sans la Recherche, il n’y a pas de développement.

Ils finiront par comprendre qu’avec des taux de sélection de 10% à l’ANR, cela devient une loterie et que la majorité des chercheurs se sent démotivé.

Ils finiront par comprendre qu’avec des taux de sélection de 10% à l’ANR se sont des centaines de jeunes chercheurs brillants à qui l’on ne donnera jamais la possibilité d’exploiter leur talent.

Ils finiront par comprendre qu’avec des taux de sélection de 10% à l’ANR se sont des dizaines de thématiques qui ne sont plus financées et tout un savoir-faire et une expertise qui sont en train de se perdre.

Ils finiront par comprendre qu’il n’y a pas de recherche appliquée mais uniquement des applications de la recherche.

Ils finiront par comprendre que l’excellence est l’objectif à atteindre, pas le critère pour sélectionner.



Ils finiront par comprendre tout cela mais il est déjà bien trop tard.

Eventually they will understand

Eventually they will understand





Eventually they will understand that there are no such things as applied science, only applications of science (Louis Pasteur).


Eventually they will understand that it takes 15-20 years for basic research evidence to reach clinical practice.


Eventually they will understand that it is impossible to predict what questions will actually find practical applications in the future.


Eventually they will understand that spending on Basic research now provides the raw material for the next generation of technological advances that fuel our economic growth.


Eventually they will understand that Basic research is the pacemaker of technological progress.


Eventually they will understand that Science is a public good.


Eventually they will understand that the power of CRISPR Cas9 –based genome editing is something nobody could have predicted at the outset.


Eventually they will understand that without more than 30 years of research about gene expression, Transcription factor-based cellular reprogramming would have never opened the way to converting somatic cells to a pluripotent state.


Eventually they will understand that accidental discoveries continue to flourish in basic research with direct consequences for everyday life.


Eventually they will understand that human curiosity, creativity and inquisitiveness are the driving forces behind basic research.


Eventually they will understand that excellence should be the goal of funding, not a barrier to it (Mike Galsworthy).


Eventually they will understand that if you can accurately predict outcome, what you are doing is not research, it is development (Jim Woodgett).


Eventually they will understand that with funding rate for NSF/NIH/NHMRC/CIHR/ANR/…. less than 15%, very talented junior scientists will be leaving research.


Eventually they will understand that with funding rate for NSF/NIH/NHMRC/CIHR/ANR/…. less than 15%, basic research will suffer from the loss of knowledge and expertise.



Eventually they will understand but it is already too late.


A scientist’s account to Twitter

Some of my colleagues often asked me what I am doing on Twitter. Below are some of my answers.

Twitter, the micro-blogging platform may be viewed as fascinating for some people but also frightening and boring for others. It is certainly a controversial subject. But Twitter is a diamond in the rough for the scientific community: keeping up with current research in real time, follow conferences, improve your professional network, bibliography search,…

This post does not aim to be a scientist’s guide to social media in general and to Twitter in particular. The objective is simply to share my experiences as a scientist in social media. As Zen Faulkes (@DoctorZen) quite rightly stated here : ‘Everything that happens on social media has been happening at conference for as long as there have been conference (informal conversations). Social media is just the biggest research conference in the world’.

(click to enlarge the images)


1- A bibliography search tool

1a- Scientific journals twitter accounts. Forget Pubmed, RSS feed or eTOCs. Just follow your favorite journal on Twitter. So far, I have a list of 291 journals.


suivre journaux

1b- Keeping up using Twitterbots. An increasing number of people are exploring the use of twitterbots for more productive academic purposes (for more info see here a great explanation by @caseybergman). For example, I have a list of domain-specific literature bots here.


1c- The keyword search. Twitter has of course a search engine. Simply use keyword search as you would search Google or Pubmed. Below is an example with ‘CRISPR’.

recherche mot clé

1d- Sharing information. Twitter is particularly well suited to sharing information from your own scientific readings. A classical tool in your Twitter belt is the ability to share a link (and a photo) to the article.

parler de ses coups de coeur

1e- #icanhazpdf. The famous hashtag used to coordinate the exchange of scholarly papers. Suppose that you need a certain journal article but do not have a subscription to the journal. Anyone who notices checks to see if they have access, such as via their university’s institutional subscriptions, and if they do, they download the article and send it to you.



2- To keep you updated and engaged

2a- Outreach from scientific conferences. Looking for a forthcoming conference? Many scientific societies that organized academic conferences are on twitter: CSHL meetings, Keystone Symposia, Cell Symposia. 2014 saw the increased interaction with many conference twitter accounts with delegates actively tweeting about the meetings. For example with the Annual scientific meeting of the Australian diabetes society @ADS ADEA.


info congrès


2a-bis Conference live-tweeting. Twitter lends itself particularly well to sharing information from a conference and live-tweeting is a growing trend. Live-tweeting is simply when twitter users tweet key points from presentations that they attend at conferences. Just follow the hashtag for the conference.

conference à distance

2b- Funding opportunities and notices. Many funding opportunities can be found on Twitter.

nih fundings

2c- Pharma and biotech companies. Find company information such as new products, promotional items.


2d- Career opportunities. Many principal investigators do advertises their PhD and postdoctoral positions on Twitter.


offre these post doc


3- Help, share, discuss

3a- Lauching a new topic. Do you have a particular question ? Is there any specific topic you would like to discuss ? Twitter is the place to be for the scientific community.



3b- Direct contact. Do you have a particular question for a biotech company ? Ask directly your question via Twitter. Communication is faster than ever.


contact direct avec des sociétes

3c- Promoting your research. Publicise yourself, promote and present your work, your papers, your blog. Twitter is as a global science communication tool.



3d- Networking. Having real-time scientific discussions from your bedroom with people across the world, conversations that you would not necessarily have otherwise, expending your network.


se creer un reseau


4- Further reading

Online collaboration : scientists and the social network (link) by Richard Van Noorden (@Richvn)

Burning platforms: friending social media’s role in #scicomm (link) by Jim Woodgett (@jwoodgett)

10 simple rules of live tweeting at scientific conferences (link) by Ethan O. Perlstein (@eperlste)

Science and social media: some academics still don’t ‘get it’ (link) by Kirk Englehardt (@kirkenglehardt)

 Social media : a network boost (link) by Monya Baker (@Monya_science)

My Twitter achievements (link) by Sylvain Deville (@DevilleSy)

Mon petit twitter scientifique illustré

Twitter, cette plateforme de microblogging, est fascinante pour certains, effrayante ou sans aucun intérêt pour d’autres. En tout cas Twitter ne laisse pas indifférent. Mais derrière ce géant des réseaux sociaux se cache un diamant brut qui ne demande qu’à être façonné: une communauté scientifique très active, une source d’informations inépuisable en temps réel, un outil de veille technologique et un forum de discussion.

Comme scientifique, Twitter est donc devenu pour moi un outil de travail comme un autre. Ce petit billet n’a pas la prétention ni l’ambition d’être un guide mais juste un témoignage de mon utilisation de Twitter en tant que scientifique. Après tout, ce qu’il se passe sur les réseaux sociaux aujourd’hui existe depuis toujours dans les congrès scientifiques: les gens posent des questions et discutent autour d’une bonne bière des derniers papiers à la mode, des rumeurs, des financements, des étudiants… Les réseaux sociaux sont en quelque sorte le plus grand congrès scientifique du monde.


Pour que ce billet ne soit pas trop long, j’ai mis les images en tout petit. Cliquez dessus pour les voir en grand.


 1- Un outil de recherche bibliographique presque comme un autre

Notre recherche se nourrit en permanence du travail des autres. Lire des papiers sur son sujet ou sur une nouvelle technique, aller à des congrès ou des thèses alimentent nos propres idées et hypothèses de travail. Twitter offre une alternative intéressante aux outils classiques de recherche bibliographique que peuvent être Pubmed, les flux RSS et autres eTOCS (Email Table of contents Alerts).

1a- Tous les grands journaux scientifiques ont leur compte Twitter. Un nouvel article ou un nouveau numéro de votre journal vient de sortir. Vous avez l’information en temps réel, parfois bien plus rapidement que par email par exemple. J’en ai répertorié 292 toutes disciplines confondues.

suivre journaux

1b- Un flux RSS sur Twitter. Il existe une manière assez simple de créer un flux RSS automatique sur Twitter (voir cet article (en anglais) de @caseybergman). Beaucoup existe déjà. Voilà ma liste par exemple🙂. Une thématique particulière vous intéresse, suffit de s’abonner.

rss feed like

1c- Recherche classique par mots-clés. Twitter dispose d’un moteur de recherche. Il suffit de taper un mot clé pour savoir tout ce qu’il s’y dit sur Twitter.

recherche mot clé

1d- Le partage. Twitter étant avant tout un forum de discussion, chacun peut parler d’un article qu’il trouve intéressant. Je fais ça régulièrement. Je transmets donc l’information à mes abonnés qui pourraient être intéressés et qui auraient pu rater un article en particulier. On met un petit commentaire, le lien vers l’article et hop en 1 clic on regarde si ça intéresse ou pas. Ça marche évidemment dans les 2 sens. Certaines des personnes à qui je suis abonné font la même chose et me font découvrir parfois de super articles que je n’aurai peut-être jamais vus sans l’aide de Twitter.

parler de ses coups de coeur


2- S’informer tout simplement

Cela prend un peu de temps mais quand on arrive à s’abonner aux bons comptes Twitter, on peut récupérer un grand nombre d’informations. Les grands Instituts de Recherche, les organisateurs de congrès scientifiques, les sociétés de biotech et bien sûr des centaines de scientifiques se retrouvent sur Twitter.

2a- Des annonces de congrès. Les grands organisateurs de congrès internationaux ont un compte Twitter come le CSHL (Cold Spring Harbor Lab) ou les Keystone. On peut aussi trouver des comptes dédiés ouverts simplement pour un meeting qui a lieu dans l’année. Comme le cas du FEBS EMBO qui a eu lieu à Paris en 2014.

info congrès

2a-bis Suivre les congrès. Quand c’est autorisé, les participants d’un congrès font ce qu’on appelle du ‘live-tweeting’. Ils racontent en direct ce qu’il se passe par l’intermédiaire d’un hashtag. Suivre en live un congrès qui a lieu à l’autre bout de la planète tranquillement derrière l’écran de votre ordinateur, c’est top, non ?

conference à distance

2b- Les sources de financements. Les grands organismes qui financent la Recherche se retrouvent sur Twitter. La ligue contre le cancer, l’ARC, l’INCa, l’ANR, l’ERC. Petit clin d’œil au trop méconnu iEDU. S’abonner à ces comptes twitter vous renseigne en temps réel sur les nouveaux appels d’offres, les échéances, les résultats.


2c- Les sociétés de biotechnologies. Les dernières nouveautés des catalogues, les dernières promotions, tout est sur Twitter.



2d- Les offres de postes. S’adresse surtout aux doctorants qui cherchent un post-doc ou un poste dans le privé. De nombreuses offres se trouvent sur Twitter. Cela fonctionne aussi dans l’autre sens. Vous avez un financement pour un(e) futur(e) doctorant(e), faites passer l’info sur Twitter.

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3- Discuter et s’entraider

Twitter est avant tout une plateforme de discussion ouverte à tous. Comme dans une réunion de labo ou un congrès, Twitter permet de discuter de tout et de rien mais avec les scientifiques du monde entier sans bouger de sa chaise !

3a- Un scientifique a une question ou ouvre le débat. Participez aux discussions, échangez des informations, répondez à des questions. C’est ça la science !

discuter d'un sujet

3b- Un contact direct et rapide. Vous avez une question à poser à un fournisseur ? Parfois la poser directement sur Twitter est bien plus rapide que par mail.

contact direct avec des sociétes

3c- Faire sa promo. Un nouveau papier ? Un nouveau billet de blog ? Twitter est aussi là pour parler de vous, de votre recherche, de ce que vous faites. Vendez-vous !

 faire sa promo


3d- Se faire un réseau. C’est le principe de base. Ce faire un réseau, des connaissances. Certains de mes collègues ont par exemple fait des collaborations scientifiques simplement en discutant avec d’autres collègues sur Twitter, collègues qu’ils n’avaient jamais rencontrés avant ! Pour ma part, j’ai été invité à donner séminaire à l’Université de Cambridge en Angleterre juste parce qu’un scientifique de là-bas me suivait et trouvait certains de mes propos intéressants !

 se creer un reseau


En conclusion, Twitter est un vaste supermarché où chacun peut y faire ses courses selon ses goûts et ses envies. Twitter devient ce que l’on veut bien en faire. Il faut apprendre à l’apprivoiser, le dompter et j’espère vous avoir convaincu que cela peut-être plus qu’utile. Voilà en tout cas comment moi je l’utilise.

N’hésitez pas à commenter ce billet et à l’améliorer si vous voyez quelque chose que j’aurai pu oublier.


4- Autres liens

Veille scientifique avec Twitter par Pierre Poulain @pierrepo

Twitter et les chercheurs, l’exception française ? Article de Sylvain Deville @DevilleSy dans Le Monde

Twitter et la science par @Endirectdulabo

Les réseaux sociaux dans la Recherche scientifique par @Urfist

Ouvrir un compte twitter pour son labo par @inp_cnrs

My twitter achievements par Sylvain Deville @DevilleSy

école doctorale 13 mai 2016

On Randomness, Determinism, False Dichotomies and Cancer


Before I start – a short summary

[1] A recent paper attributed a large proportion of variation in incidence of cancers across different tissues to the number of stem cell divisions in them, and
stochastic errors in cell division.

[2] The paper grouped tumour types with known external causes as “deterministic” and those without as “stochastic”

[3] I have seen people being hostile to the notion of stochasticity in cancer who’ve postulated other deterministic factors, with the implicit assumption that what is stochastic is really deterministic processes with as-of-now undiscovered causes.

[4] Here I explain why processes with known causes are still stochastic, leading to my gripe with both the misunderstanding that has permeated discussion of the paper as well as the iffy notion of grouping tumours into stochastic and deterministic ones in the paper. My assertion is that even those cancers strongly driven by external carcinogens involve randomness/stochasticity.


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